Destruye la información de los ficheros a los que infecta dejándolos inservibles. Puede eliminarse limpiando el contenido donde se encuentra, solo que éste se pierde.
Los archivos infectados por este virus no aumentan de tamaño a no ser que el virus ocupe más espacio que el fichero. Algunos de los más importantes son el Trj.Reboot y el Trivial.88.D.
Este tipo de virus se caracteriza por no respetar la información contenida en los ficheros que infecta, haciendo que estos queden inservibles posteriormente. Pueden encontrarse virus de sobreescritura que además son residentes y otros que no lo son. Aunque la desinfección es posible, no existe posibilidad de recuperar los ficheros infectados, siendo la única alternativa posible la eliminación de éstos.
También se diferencian porque los ficheros infectados no aumentan de tamaño, a no ser que el virus ocupe más espacio que el propio fichero (esto se debe a que se colocan encima del fichero infectado, en vez de ocultarse dentro del mismo).
La única forma de limpiar un fichero infectado por un virus de sobre escritura es borrarlo, perdiéndose su contenido.
Este tipo de infección es en el que el virus sobrescribe los contenidos del ejecutable al que infecta, efectivamente reemplazando el código original del ejecutable con su propio código. Este tipo de virus se descubre inmediatamente, ya que afectan todo el sistema haciendo que deje de funcionar en un periodo muy corto de tiempo. Hay otro tipo de virus de sobre escritura que se almacena en el encabezado DOS del archivo.